本校在臺復校(1954年)五年後，正式於第9次校務會議中通過《國立政治大學組織規程》(以下簡稱《組織規程》)，同樣維持《大學法》之規定，僅於校長室置秘書一或二人，但規定必要時，仍得置助理秘書與事務員，位未來事務漸繁，組織編制可能擴大預留彈性空間。而《組織規程》也成為本校日後各種組織增減、業務調整時的重要法規依據。

已制訂20餘年的《大學法》首度進行全文修正，連帶《大學規程》(教育部依據1947年版《大學法》第32條制訂)也相應調整。本次《大學法》修法，新增條文「大學設置秘書室，置秘書一至三人，由校長任用之。 」本校亦於翌年第36次校務會議修訂《組織規程》，增加第24條「本大學設置秘書室，置秘書一至三人。必要時，由校長指定一人為主任秘書，主持秘書室業務，並置助理秘書、組員若干人，均由校長任用之。」此一條文之增訂，為「秘書室」編制提供法源依據，也首次出現「主任秘書」之職稱。

原校長室秘書葉尚志教授，改兼秘書室主任秘書，象徵「秘書室」正式成立，開啟了秘書室半世紀以來，為政大戮力奉公的歷史。

《大學法》、《大學規程》與《組織規程》等法規雖偶有修訂，但對秘書室本身影響不大，整體仍與1972、73年所確立編制相差無幾，多是文字上稍加調整，或因應法規增加辦事員、書記等人力。1993年底，《大學法》再一次進行全文修正。相較過往修法明訂秘書室所置秘書人數，本次修法則將人數限制解除，僅提及「大學應設左列單位……七、秘書室：辦理秘書事務。 」本校亦於1994年至1995年間，透過校務會議及多次臨時校務會議修訂《組織規程》， 明訂秘書室職掌為「辦理秘書事務」，並分設二組，確立秘書室下設二組(第一組、第二組)之基本體制。

《大學法》全文修正，刪除1993年版大學法第11條大學應設單位之規定，象徵秘書室組織調整之動力，已由過去法規引導，轉變為業務引導。